정부가 기업이나 금융기관의 구조조정을 지원하기 위해 마련한 재정자금을 말한다. 공적자금은 기업부도 등으로 회수가 불가능한 부실채권이 많은 은행으로부터 부실채권을 싼값에 사주고, 정부가 은행에 출자하여 자본금을 늘려줌으로써 건실한 은행으로 새롭게 탄생할 수 있도록 도와주는 데 쓰인다.
우리나라의 경우 공적자금을 정부예산에서 직접 지원하는 것이 아니라 예금보험공사와 자산관리공사가 채권을 발행하여 조달한다. 또 해외차관, 정부보유 공기업주식, 공공자금관리기금, 한국은행 등에 의해 우회적으로 투입된 자금도 넓은 의미의 공적자금으로 본다. 공적자금을 투입하는 방법에는 세 가지가 있다.
첫째, 금융기관의 부실채권의 매입에 사용된다. 이자를 받지 못하는 대출금이나 부도난 회사의 담보부동산 등 부실채권을 자산관리공사가 싼값에 사줌으로써 자금흐름을 개선해 준다.
둘째, 예금보험공사가 직접 증자해 지원하는 방법이 있다. 즉, 대외신인도가 떨어져 외국에서 돈을 빌리기 어렵고 자본금과 연계된 대출이나 투자를 할 수 없는 경우 예금보험공사가 증자에 참여하여 자기자본비율을 높여준다.
셋째, 금융기관이 도산하여 반환할 자금이 없을 때 예금보험공사가 고객예금을 대신 지불하는 예금대지급금 지원에 사용된다. 우리나라는 1997년말 외환위기로 대기업을 비롯한 수많은 기업이 도산하고 금융기관의 부실이 심화되자, 예금자 보호와 금융시장 안정을 위해 공적자금을 조성,투입하기도 하였다. 2006년 2월말 현재 총 168조 2천억원(회수금 재사용 포함)이 투입되었고, 76조3천억원이 회수된 상태이다(금융위원회).